С апостольских времен Церковь земная имеет территориальное устройство. Церкви сел объединены с церковью близлежащего города. Это объединение церквей, включающее в себя иногда и церкви малых городов вокруг большого называется епархией. Предстоятелем епархии является епископ, преемник святых апостолов через рукоположение. Епископ может носить почётный титул архиепископа, митрополита или патриарха.
Наша Знаменская церковь села Холмы со времени своего основания в XVII веке входила в состав Московской епархии, в своих границах соответствовавшей городу Москве и окружавших её уездов.
В XX веке Московская епархия была разделена на две — Московскую городскую, епископом которой является Патриарх Московский, и Московскую областную, епископом которой был Митрополит Крутицкий и Коломенский. С начала своего возрождения в 2002 году наша Знаменская церковь входила в Московскую областную епархию.
В 2021 году Московская епархия, объединявшая в себя более полутора тысяч церквей решением Священного Синода была разделена на пять епархий. Сейчас наша церковь входит в состав Одинцовской епархии.